BNN Kabupaten Badung terbentuk pada tanggal 19 April 2011  merupakan alih status dari Badan Narkotika Kabupaten Badung yang merupakan instansi dibawah Pemerintah Kabupaten yang beralamat di Jalan Raya Kapal yang berada di Lingkungan RSU Kapal dan dikepalai oleh Drs. I Ketut Sudikerta, pada tanggal 12 Oktober 2009 pemerintah mengeluarkan Undang – undang Nomor 35 Tahun 2009 tentang  Narkotika yang mendasari adanya perubahan dari Badan Narkotika Kabupaten (BNK) Badung menjadi Badan Narkotika Nasional Kabupaten (BNNK) Badung. Sebagai Kepala BNNK Pertama AKBP I GUSTI GEDE SURYASA, SH dilantik pada tanggal 19 September 2011 yang mana pada saat itu juga ditetapkan sebagai tanggal terbentuknya BNN Kabupaten Badung. Kemudian dilanjutkan dengan pelantikan para Kepala Seksi di BNNP Bali dengan perubahan Struktur Organisasi yang awalnya terdiri dari 1 Sekretaris dan 5 Kepala Seksi berubah menjadi 3 Kepala Seksi, yaitu: Kepala Subbag Tata Usaha BNN Kabupaten Badung, Kepala Sie Pencegahan BNN Kabupaten Badung, serta Kepala Sie Pemberdayaan Masyarakat BNN Kabupaten Badung. Pada awal terbentuknya BNN Kabupaten Badung mayoritas pegawai merupakan Pegawai Negeri Sipil (PNS) Pemerintah Daerah yang diperbantukan di BNN Kabupaten Badung. Seiring berjalannya waktu pemerintah mengeluarkan Perka BNN Nomor 3 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Narkotika Nasional Provinsi dan Badan Narkotika Nasional kabupaten atau kota dimana disitu di sebutkan adanya penambahan seksi Rehabilitasi serta penggabungan seksi Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat dengan nama Seksi Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat (Seksi P2M). Saat ini Badan Narkotika Nasional Kabupaten Badung beralamat di Jalan Raya Abianbase, Kapal Mengwi Badung.